De Protestantse Gemeente Utrecht (PGU) bestaat uit 10 wijkgemeenten. Elke wijkgemeente heeft een wijkkerkenraad, wijkraad van kerkrentmeesters en een wijkdiaconie. Vanuit de wijkgemeenten worden leden afgevaardigd naar de stedelijke collleges (gremia).

Er zijn drie stedelijke colleges: de Algemene Kerkenraad Groot (AKG), het College van Kerkmeesters (CvK) en het College van Diakenen (CvD) dat we in Utrecht de Protestantse Diaconie Utrecht noemen. De AKG omvat het CvK, de Stedelijke Diaconie en de Algemene Kerkenraad Klein (AKK). De AKK functioneert als een dagelijks bestuur (moderamen) en de AKK leden zijn in het algemeen boventallige leden, wat wil zeggen dat ze direct verkozen zijn voor hun stedelijke ambt en niet via afvaardiging uit een wijkgemeente. De AKK bestaat uit de voorzitter, scriba, een predikant,  twee leden van het CvK, waaronder de CvK voorzitter, en twee leden uit het moderamen van de Stedelijke Diaconie, waaronder de Diaconie voorzitter. Elke wijkgemeente vaardigt twee leden af naar de AKG, ofwel via CvK of via de Diaconie ofwel direct naar de AKG. De kerkrentmeesters in het CvK die geen ouderling zijn, zijn adviserend lid van de AKG.

Er is een centraal bureau PGU wat de colleges ondersteunt in hun taken: bestuurlijk, uitvoerend, secretarieel en financieel/gebouwen. Het bureau wordt geleid door de directeur Bureau PGU. De Protestantse Diaconie Utrecht maakt ook gebruik van het bureau. 

De predikanten van de PGU vormen samen het Collegiaal Beraad (CB). De predikanten die deel uitmaken van de AKG zorgen voor het contact tussen de AKG en het CB. Eénmaal per jaar is het CB te gast in de AKG vergadering.

De AKG vergadert vijf maal per jaar. Vijf maal per jaar vergadert het CvK. De Diaconie heeft per jaar twee reuliere vergaderingen en drie inspiratie avonden. De AKK vergadert elke maand om het beleid uit te voeren en de vergaderingen van AKG, CvK en de Diaconie voor te bereiden.
De werkwijze en de bevoegdheden van de colleges zijn vastgelegd en geformaliseerd in een plaatselijke regeling (PR).